On ne s'interroge plus sur la nature du corps et de l'âme, mais sur leurs opérations. Les deux réalités sont données ensemble. Sensations et idées sont mises sur le même plan. Elles ont la même essence, que nous ne pouvons pas comprendre, mais établir par l'expérience. L'important n'est pas leur substance, mais que la liaison soit constante entre leurs propriétés (cause), un noyau de pensée qui n'est pas à chercher du côté de la philosophie de la nature, mais de l'éthique. C'est un impératif.

On ne se soucie plus d'expliquer la nature, mais de décrire ses phénomènes. Il faut pour cela élaborer des concepts adaptés à la richesse individuelle, à la singularité des formes naturelles, surtout dans les domaines de l'histoire naturelle (Buffon) ou de la botanique (Linné). Les méthodes doivent être élaborées en conformité avec l'objet. La pensée doit être assez mobile pour représenter le mouvement des formes naturelles. Ainsi la structure de la connaissance biologique s'affirme-t-elle contre la forme de la physique théorique.