L'Exécution de Maximilien est sans doute le projet le plus ambitieux de la carrière de Manet. Napoléon III avait placé sur le trône mexicain l'archiduc d'Autriche, Maximilien, mais sans lui fournir un appui militaire suffisant. L'armée républicaine l'ayant vaincu, il a été mis à mort le 19 juin 1867 en compagnie de deux de ses généraux, Tomas Méjia et Miguel Miramon. Dès le mois de juillet, Manet a commencé à travailler sur une première version. La version finale comprend 6 soldats tous identiques, dans la même position, plus un sous-officier qui arme son fusil pour porter le coup de grâce. Dans la troisième version (Londres), il y avait en plus un officier en chef avec un képi rouge, qui brandissait une épée - mais Manet l'a remplacé par quelques allusions peu visibles : une bande rouge entre les jambes du deuxième soldat à partir de la droite, et un soupçon de képi rouge au-dessus de sa tête. Au fond du tableau, derrière le mur, un groupe de paysans regarde la scène, tandis qu'un autre groupe est assis plus loin dans l'herbe. Maximilien, au visage clair, est entouré par les deux mexicains à la peau plus sombre. Le tableau se situe à l'instant où Méjia reçoit le coup fatal, tandis que Maximilien tient la main de Miramon à sa gauche. Les traits de Maximilien sont délibérément effacés, tandis que Mejia réagit involontairement à la fusillade par un spasme.

On ne trouve pas dans ce tableau le sentiment tragique et la passion du Trois mai de Goya, qui l'a influencé. Au contraire, les personnages semblent insensibles, indifférents à la violence de l'exécution, dépourvus d'intériorité. Le sous-officier qui charge son fusil semble absorbé dans une tâche purement mécanique - mais cet absorbement n'a rien de psychologique, il n'a aucune profondeur [ce qui peut aussi être interprété comme une critique à l'égard de Napoléon III, qui portait le même type de barbe, avait envoyé Maximilien au Mexique, et pouvait être considéré comme responsable de ce tragique dénouement].

Il s'agit, pour Manet, (dans tous ses tableaux), de frapper le spectateur, de l'arrêter. Mais l'"effet de frappe" est ici pris au pied de la lettre. Le général Mejia le reçoit en pleine figure. Tout se passe dans l'instant. Manet joue sur le contraste entre la netteté d'exécution des soldats, dans leur immobilité, et le traitement pictural rapide des victimes (à la façon dont s'opposent le bouvreuil et la grenouille du Déjeuner sur l'herbe). L'instantanéité est un élément central du tableau, tout en étant visiblement construite comme une fiction - comme en témoigne la fumée qui s'échappe de la pointe des fusils, exagérément proche des condamnés.

Michael Fried rappelle que pour toutes ses oeuvres, du Déjeuner sur l'herbe au Christ mort, au Christ aux outrages et à l'Olympia, Manet a du subir l'hostilité du public. Il propose une interprétation originale : pour Manet, les victimes seraient à la place du public, et ce seraient ses oeuvres, ses peintures, qui seraient à la place des exécuteurs. Un tableau de Manet sert à provoquer le public, à lui faire violence, à le frapper. Dans cette hypothèse, le peintre pourrait être représenté par le sous-officier qui se préparer à donner le coup de grâce - à moins que ce ne soit l'officier au képi rouge qui a été presque totalement effacé, dont il ne reste que des traces.

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Cette version de l'Exécution de l'empereur Maximilien, dite "finale", est conservée à Mannheim. Trois autres versions sont exposées aujourd'hui à Boston, Londres et Copenhague, auxquelles s'ajoute une lithographie. Manet aurait voulu présenter ce tableau d'abord au Salon de 1868, mais il y a renoncé, puis au Salon de 1869, mais le gouvernement s'y est opposé et a interdit la diffusion de la lithographie. Son inspiration provient en partie du Trois mai de Goya (1814), lui-même influencé par le Serment des Horaces de David - retour à la peinture d'histoire, qui est aussi un retour aux sources espagnoles et à la tradition française.