La méthode analytique utilisée par Newton remplace l'esprit de système qui prévalait au 17ème siècle. On peut décrire la réalité, mais on ne peut pas la déduire. Dans cette méthode, il faut repérer les données, les distinguer, les abstraire et ensuite les combiner. La démarche va du particulier au général. Aucune limite infranchissable n'est assignée à la raison. On l'applique peu à peu à tous les domaines :

- l'Etat et la société sont interrogés sur leur légitimité et traités comme une réalité que la pensée s'efforce de connaître, soumise à l'autorité de la loi et de la raison. Pour Hobbes, la pensée politique est un calcul.

- la sociologie se constitue à l'image de la physique et de la psychologie. Montesquieu part de l'analyse des faits et leur donne une forme systématique. Sa doctrine de la division des pouvoirs repose sur l'exigence de la plus grande liberté possible. C'est un problème de statique : les forces en présence doivent s'équilibrer.

- l'histoire.

- Leibniz aussi se sert de la méthode analytique. Tous ses travaux de logique sont issus d'une combinatoire. Son concept de substance introduit un univers pluraliste (les monades) inconnu chez Descartes ou Spinoza. La monade est active, féconde, elle engendre une diversité toujours nouvelle. Aucun de ses moments n'est identique à l'autre. Il y a continuité, mais dans le changement et l'altération. Elle n'est ni une unité, ni un agrégat, mais un tout dynamique, dont le concept fondamental est l'harmonie.

Les idées originales de Leibniz sur l'individualité ne seront que tardivement connues au 18ème siècle, par le biais de sa théorie du développement, mais elles exerceront une profonde influence (Diderot, Buffon).