Ce panneau est conservé dans le palais ducal d'Urbino, comme les perspectives dites "urbinates". Comme ces dernières, ce n'est pas une peinture comme les autres, c'est d'abord une perspective, un dispositif calculé dans lequel le récit doit s'inscrire silencieusement. Le "regardant" est convoqué au point de fuite, mais au lieu de lui fournir un point stable et assuré, il produit un effet de doute et de fascination, une impression de cécité et d'aveuglement.

Le tableau est divisé en deux scènes qui n'ont pas la même source de lumière. Seule la perspective unique, centrée derrière le Christ, unit ces deux scènes hétérogènes (à condition que le spectateur ait les yeux au centre de la peinture). La Flagellation qui donne son titre au tableau n'est qu'au second plan.

Sur le cadre d'origine du tableau figurait une inscription : convenerunt in unum (Ils se mirent d'accord et s'allièrent). C'est une allusion aux personnages de droite, magnifiquement vêtus, en train de comploter dans une sorte de conversation sacrée. De qui s'agit-il? Celui qui est coiffé d'un chapeau bizarre serait-il Hérode? Le jeune homme blond en rouge serait-il Oddantonio da Montefeltro - le frère du condotierre Frederico de Montefeltro - encadré de ses deux ministres dont la politique a conduit à un soulèvement populaire (1444) où le jeune prince a été assassiné? Ou d'autres comploteurs liés aux conflits de l'époque entre l'église d'Orient et celle d'Occident?

Sur le socle en pierre du siège de Ponce Pilate observant la scène de flagellation, on peut lire la signature de Piero della Francesca : Opus petri de Borgo Sancti Sepulcri (oeuvre de Piero de Borgo San Sepolcro), comme si la position de voyeur que nous occupons, qui est aussi celle du peintre, redoublait celle de Pilate.