La problématique de la psychanalyse, avec ses concepts propres comme par exemple le conscient, l'inconscient, le plaisir, la décharge, est-elle compatible avec celle de la phénoménologie? demande Nicolas Abraham en 1968. Il avait déjà partiellement répondu à la question en 1962, dans un article sur Le temps, le rythme et l'inconscient. La phénoménologie, disait-il, se limite aux objets et aux vécus intentionnels. Elle peut décrire l'avènement de certaines structures temporelles, mais elle ignore fondamentalement les notions d'inconscient et de genèse symbolique (p89). Pour articuler le problème de la temporéisation en termes psychanalytiques, il faut développer une pratique transphénoménale, c'est-à-dire ne saisissant pas que le temps d'un sujet, mais celui de l'intersubjectivité. Le temps ne saurait apparaître à soi, mais à un autre sujet seulement (p94). Sans cela, des notions comme la régression, le développement libidinal ou même la projection sont incompréhensibles.

En 1968, à propos du livre de Laplanche et Pontalis Vocabulaire de la psychanalyse, il radicalise sa position. Des concepts métapsychologiques comme Inconscient (l'UBw freudien) ou Conscience-Perception (le WBw freudien) ne peuvent pas être appréhendés directement par la phénoménologie. En raison de la distance qui sépare le sujet réfléchissant d'avec soi-même (l'écart entre le "je" et le "me"), ils ne peuvent, pour celle-ci, que rester impensés.

Le seul horizon possible de la phénoménologie est celui des continents habités. Or l'inconscient, noyau de l'être, échappe à toute présence et à toute signification. Il ne peut y avoir de théorie psychanalytique qu'anasémique.