Résumé (Wikipedia modifié) :

Arthur Fleck est un homme souffrant de troubles mentaux le poussant, notamment, à rire fréquemment, sans la moindre envie ou lors de moments ne s'y prêtant pas. Cependant, il ne ressent que tristesse dans sa vie, même pendant qu'il travaille en tant que clown pour subvenir à ses besoins et à ceux de sa mère, Penny. Il rêve toutefois de devenir humoriste, cette dernière lui ayant donné pour mission de « donner le sourire et de faire rire les gens dans ce monde sombre et froid » depuis son plus jeune âge. La ville où il vit, Gotham City, est également au bord du chaos, en proie au chômage, à la criminalité et à la crise financière, laissant un pan entier de la population dans la misère.

Un jour, suite à une agression par un groupe de jeunes (dont il est accusé par son employeur de l'avoir inventée, pour ne pas travailler), un de ses collègues, Randall, lui donne alors une arme à feu pour qu'il puisse se défendre face aux agresseurs. Dans le même temps, Arthur fait la connaissance de Sophie, une mère célibataire habitant dans le même immeuble, qu'il suit furtivement jusqu'à son travail avant de l'inviter à son prochain spectacle.

Fleck perd malheureusement son emploi lorsque qu'il fait tomber accidentellement son arme au sol lors d'un spectacle dans un hôpital pour enfants ; ce renvoi est également causé par la dénonciation calomnieuse de Randall, l'accusant d'avoir voulu lui acheter un revolver. En revenant chez lui, il est témoin dans le métro du harcèlement d'une jeune femme par trois hommes ivres. À cause de son handicap, il est pris d'un fou-rire, et ces derniers viennent alors l'agresser. Avec son arme, il se défend en tuant deux d'entre eux et poursuit alors hors de la rame le troisième, blessé, avant de l'abattre froidement sur le quai de la station.

Ces trois hommes étaient en fait des employés de Wayne Enterprises. Leurs meurtres, ainsi que les propos maladroits de Thomas Wayne, candidat à la mairie de Gotham City, envers les citoyens les plus défavorisés, déclenchent alors un mouvement populaire à l'encontre de ce dernier, et des plus fortunés en général. Très peu de temps après, lors d'un rendez-vous chez sa psychologue, Arthur prend conscience que ce geste lui permet enfin d'exister aux yeux de tous mais se rend compte également que celle-ci ne l'écoute pas, ne lui posant que les mêmes questions en boucle. Il apprend alors qu'il ne pourra plus être suivi médicalement, et recevoir notamment ses doses habituelles de médicaments, la mairie ayant décidé de couper les aides à l'établissement.

Arthur se produit finalement sur la scène du Pogo's, sous les yeux de Sophie, mais son one-man-show tourne au fiasco lorsqu'il ne peut s'empêcher de rire nerveusement durant la quasi totalité de ses blagues. Malgré cela, il entame une relation amoureuse avec sa voisine.

Fleck comprend par ailleurs, dans une des nombreuses lettres que sa mère tente de faire parvenir à Thomas Wayne pour l'alerter sur leurs conditions de vie précaires, qu'il serait en fait le fils de l'homme d'affaires. Celle-ci lui raconte alors que, travaillant pour le milliardaire, elle aurait entretenu une idylle avec ce dernier, et qu'elle serait tombée enceinte de lui ; elle aurait par la suite signé des papiers l'interdisant de communiquer à ce sujet. Arthur part donc pour le manoir des Wayne et fait la connaissance du jeune fils, Bruce, avant de se faire renvoyer chez lui par Alfred, le majordome de la famille.

Penny est cependant hospitalisée en raison d'un AVC qu'elle a eu suite à la venue des inspecteurs Garrity et Burke, enquêtant sur les meurtres du métro et souhaitant s'entretenir avec son fils. Dans le même temps, Murray Franklin, un animateur de talk-show à succès qu'Arthur admire, diffuse des extraits de sa prestation ratée au Pogo's et le tourne en ridicule dans son émission.

Fleck, s'infiltrant dans l'auditorium, parvient finalement à rencontrer Thomas ; celui-ci lui apprend que sa mère est atteinte de démence et qu'elle l'a adopté lorsqu'elle travaillait pour eux. S'emparant par la suite du dossier médical de cette dernière à l'asile d'Arkham, il apprend la vérité sur son enfance : il a bien été adopté et Penny l'a négligé, le laissant même être l'objet de sévices de la part de son compagnon de l'époque, lui causant des séquelles physiques et psychologiques. Il rend alors visite à sa mère à l'hôpital et l'étouffe, lui en voulant de ne jamais lui avoir dit la vérité sur son enfance - vérité qu'elle-même, dans sa folie, semble avoir oubliée. Entrant dans l'appartement de Sophie pour trouver du réconfort, celle-ci se montre simplement effrayée par ce voisin qu'elle semble peu connaître, révélant ainsi que la relation qu'il entretenait avec elle n'était que le fruit de son imagination.

Arthur reçoit un appel de l'assistante de Murray Franklin, l'invitant à se produire dans son émission suite aux nombreuses demandes des téléspectateurs, ce qu'il accepte. Alors qu'il se prépare chez lui pour le tournage télévisé du soir, il reçoit la visite de ses anciens collègues, Randall et Gary, voulant l'aider après avoir appris le décès de sa mère. Il tue alors le premier, qui l'avait trahi auprès de son ancien employeur, et laisse partir son autre collègue car il s'agit du « seul qui [ait] jamais été gentil avec [lui] », non sans l'effrayer.

Sur le chemin pour l'émission de Murray, grimé en clown, Fleck se retrouve pris en chasse par les deux inspecteurs le soupçonnant pour le meurtre des trois traders. Après une course-poursuite dans les rues de Gotham, il se cache dans une rame de métro, au milieu des manifestants portant des masques de clowns, pour leur échapper. Un clown est tué accidentellement par Burke, provoquant le passage à tabac des deux policiers et renforçant le sentiment de haine des manifestants envers le système. Dans les coulisses de Live With Murray Franklin, Arthur demande à l'animateur de le présenter sous le nom de Joker (terme que ce dernier avait choisi pour juger sa prestation lors de la diffusion des extraits de son spectacle). Sur le plateau, après quelques blagues morbides instaurant un certain malaise, il donne son avis sur la société de Gotham City puis révèle, en direct et à la surprise générale, qu'il est l'auteur des trois meurtres. Murray Franklin cherche alors à le faire culpabiliser et un échange verbal assez violent s'ensuit. C'est alors que, sachant pertinemment que Murray l'avait invité pour se moquer de lui, Arthur lui tire une balle dans la tête, bien que son idée première semblait être un suicide en direct.

Arrêté par la police et emmené au poste, il se réjouit, sur la route, des émeutes dans les rues de la ville que son meurtre télévisé et ses actes récents ont entraînées avant que la voiture de patrouille ne soit percutée par une ambulance, conduite par des clowns. Il est ainsi libéré par les manifestants et élevé au rang de héros par ces derniers ; dessinant un sourire sur son visage avec son propre sang, il savoure enfin son succès. Dans la panique, Thomas, Martha et Bruce Wayne sortent en trombe du cinéma où ils se trouvaient, et s'engagent dans une ruelle sombre pour fuir ; un clown les suit et abat le couple sous les yeux de leur fils, avant de partir.

Plus tard, le Joker se retrouve menotté à l'asile, interrogé par une psychologue. Lors d'une succession de plans alternés, le criminel, hilare, refuse de dévoiler à la thérapeute la blague qu'il a en tête et commence à chanter That's Life, tandis que Bruce Wayne se retrouve seul devant les corps sans vie de ses parents. Finalement, le Joker déambule et danse, les semelles pleines de sang, dans les couloirs de l'hôpital avant d'être poursuivi par un surveillant.