Léonard de Vinci a inventé un type de composition basé sur un équilibre dynamique, qui marquera l'époque et deviendra canonique (Michel-Ange et Raphaël le développeront). La Cène est dominée par la figure centrale du Christ. Les douze apôtres sont partagés en quatre groupes de trois. Dans chaque groupe, les trois figures font face à la même question muette. Face à la forme centrale appuyée sur la symétrie de la table, chaque figure est livrée à sa propre émotion, tout en faisant partie d'un groupe unifié par le contraste des réactions. C'est un éclairage dramatique du thème de la Cène où l'individu se révèle. Plus tard, Léonard utilisera cette expérience pour peindre Saint Anne, la Vierge et l'enfant, qui se caractérise aussi par un groupe de trois personnages.

Le Christ se distingue par son aura, mais c'est un homme comme les autres. Il n'y a pas, au-dessus de lui, une autorité à laquelle il est soumis (comme par exemple dans la Cène de Dirk Bouts). Pourtant, une trentaine d'années seulement séparent les deux tableaux.

Il vient de proférer la phrase fameuse. Il s'est tu, mais sa parole résonne toujours. Parmi les apôtres, tous semblent s'interroger, sauf Juda, qui touche sa bourse (4è à partir de la gauche). Il y a tension entre deux points de fuite dont l'un est géométrique et l'autre sonore. Géométriquement, le point de convergence est situé au niveau de la tempe du Christ et non de son oeil droit, comme certains le prétendent. L'oeil du spectateur est positionné à 4 mètres de hauteur, et non pas au niveau des yeux. Cela élargit et approfondit l'espace. Mais surtout la parole culpabilisante du Christ s'étale le long de lignes émotionnelles sinueuses qui parcourent la zone occupée par les convives (ligne de fuite vocale). La force de la composition tient à cette tension entre la perspective illusionniste et l'autre perspective, vocale et émotionnelle, que Léonard anticipe.