L'homme des Lumières n'est pas passif, il doit se servir de son entendement. Il n'y a pas de limite à l'esprit de libre examen. La tolérance n'est pas une forme de laxisme et d'indifférentisme, c'est la possibilité de douter et de s'élever seul jusqu'à la certitude, sans craindre l'intellectualisme. La religion ne cherche pas à s'émanciper de la domination de l'entendement, au contraire, le coeur de la religion et de la moralité ne dépend pas de la foi, mais d'une conscience vraiment universelle. L'idée de Dieu ne rétrécit pas, elle s'élargit.

Aucune autorité religieuse n'a le droit de recourir à la contrainte. La conscience morale prévaut sur la révélation. Le principe de la critique éthique de la bible (rejeté au 17ème siècle, notamment par les Réformés), s'impose. Laissez agir la raison, et l'humanité sera guérie! La religion naturelle a toujours existé; elle prévaudra sur les religions historiques. Ecoeuré par les guerres de religion, le déisme prend la suite de la pax fidei (paix de la foi) appelée par la Renaissance. Mais son édifice repose sur des pieds d'argile : la nature humaine.